Từ thế kỷ thứ năm đến thế kỷ thứ bảy, các bộ lạc của người Berber di cư đến Mauritanie từ Bắc Phi và thay thế người Bafour, vốn là những cư dân hiện nay của Mauritanie và là tổ tiên của người Soninke. Người Bafour sống chủ yếu nhờ vào nông nghiệp, và năm trong số những tộc người từ bỏ lối sống du mục sớm nhất. Cùng với sự mở rộng dần dần của sa mạc Sahara, họ tiến về phía nam.

Sau đó không chỉ có những bộ lạc ở Trung tâm Sahara đến sinh sống ở Tây Phi, vào năm 1076, các chiến binh thầy tu Hồi giáo người Moor (Almoravid hay Al Murabitun) tấn công và chinh phục đế quốc Ghana. Trong hơn 500 năm sau đó, người Ả Rập dẹp tan được sự kháng cự quyết liệt của các cư dân tại địa phương (người Berber và người không thuộc chủng tộc Berber) và đặt quyền thống trị Mauritanie. Chiến tranh Mauritanie ba mươi năm (1644–74) là nỗ lực không thành công cuối cùng nhằm đẩy lui những kẻ xâm lược người Ả Rập Yemen Maqil được dẫn đầu bởi bộ lạc Beni Hassan.

Những hậu duệ của các chiến binh Beni Hassan trở thành tầng lớp trên trong xã hội Moorish. Tuy nhiên ảnh hưởng người Berbers vẫn tồn tại thông qua các Marabout vốn là những người bảo tồn và giảng dạy truyền thống Hồi giáo. Nhiều bộ lạc Berber khẳng định họ có nguồn gốc từ Yemen (và các vùng đất Ả Rập khác), tuy nhiên lại có ít bằng chứng cho thấy điều này, chỉ trừ một vài nghiên cứu chỉ ra mối quan hệ giữa hai nhóm chủng tộc.[6] Tiếng Hassaniya, một phương ngữ của người Berber chịu ảnh hưởng của tiếng Ả Rập được đặt tên theo Beni Hassan, vốn đã trở thành ngôn ngữ thông dụng trong các nhóm cư dân du mục.

Kể từ cuối thập kỷ 1800, Thực dân Pháp dần dần bình định được các lãnh thổ mà ngày nay là Mauritanie từ khu vực sông Sénégal lên phía bắc. Năm 1901, một người Pháp tên là Xavier Coppolani được giao nhiệm vụ đánh chiếm các thuộc địa. Bằng chiến lược kết hợp giữa việc liên minh với các bộ lạc Zawiya và gây áp lực quân sự lên các chiến binh du mục Hassane, ông này đã mở rộng được quyền thống trị của người Pháp tới các tiểu vương quốc bên trong Mauritanies: Trarza, Brakna và Tagant một cách nhanh chóng thông qua một loạt các hiệp định chấp nhận sự bảo hộ của người Pháp (1903–04). Duy chỉ có tiểu vương quốc Adrar ở phía bắc đứng vững được lâu hơn cả, nhờ vào các cuộc nổi dậy chống thực dân (hay jihad) của shaykh Maa al-Aynayn. Cuối cùng thì tiểu vương quốc này bị chinh phục bằng sức mạnh quân sự vào năm 1912, và được sáp nhập vào lãnh thổ Mauritanie, vốn tách ra vào năm 1904. Sau đó Mauritanie đã trở thành một phần của Tây Phi thuộc Pháp từ năm 1920.

Năm 1960, Mauritanie trở thành nước Cộng hòa Hồi giáo độc lập dưới sự lãnh đạo của Tổng thống Moktar Ould Daddah. Năm 1975, vì lo sợ trước sự bành trướng của Maroc, Mauritanie đã cùng Maroc sáp nhập và phân chia quyền kiểm soát vùng Tây Sahara. Việc xâm chiếm này mở đầu cuộc xung đột giữa những người Saharawi thuộc Mặt trận Polisario với Maroc và Mountanlya. Năm 1978, Tổng thống Daddah bị ủy ban quân sự cứu quốc lật đổ. Từ đó, các nhà quân sự độc tài thay phiên lên cầm quyền.

Năm 1979, Mauritanie ký hiệp định hòa bình với Mặt trận Polisario tại Algérie và rút quân khỏi vùng Tây Sahara.

Năm 1984, Đại tá Maaouye Ould Sidi Ahmed Taya nắm quyền kiểm soát Chính phủ, Taya nới lỏng luật lệ Hồi giáo, đấu tranh chống tham nhũng, xúc tiến cải cách kinh tế theo đề xuất của Quỹ Tiền tệ Quốc tế (IMF) và tổ chức cuộc bầu cử Quốc hội đa đảng lần đầu tiên năm 1986. Năm 1991, một cuộc trưng cầu ý dân cho phép thông qua chế độ đa đảng và tự do báo chí được nêu trong Hiến pháp mới. Năm 1992, cuộc tuyển cử đa đảng lần đầu tiên diễn ra kể từ khi giành độc lập. Đại tá Ould Taya được bầu làm Tổng thống nước Cộng hòa. Đảng của Taya giành thắng lợi trong cuộc bầu cử lập pháp nhưng bị phe đối lập tẩy chay. Mauritanie lập lại mối quan hệ ngoại giao với Sénégal. Năm 1997, Ould Taya tái đắc cứ Tổng thống. Năm 2005, một hội đồng quân sự đứng ra thay thế Tổng thống Maaouya Ould Sid Ahmed Taya. Đến năm 2007, sau một kỳ bầu cử, Chính phủ của Tổng thống Sidi Ould Cheikh Abdallahi được thành lập. Không lâu sau đó vào tháng 8 năm 2008, một chính quyền quân sự lại đảo chính và đưa tướng Mohamed Ould Abdel Aziz lên làm lãnh đạo. Aziz đã được chính thức bầu làm Tổng thống Mauritanie tháng 7 năm 2009.

Mauritanie là thành viên của Liên đoàn Ả Rập và Tổ chức Thống nhất châu Phi.